坂東です。

Rails5のdevelopment環境はVagrantで立ち上げる仮想マシンでやってます。
でソースコードなどのファイルはHDD内のフォルダをvm.synced_folderで共有しています。

普通Contollerやmodelを編集して保存したら変更が反映されるはずが、反映されなくなる。
仮想マシンを再起動するときちんと直る。

いろいろやってみたら、仮想マシンとローカルのタイムスタンプのズレが原因でした。

PCをスリープにすると仮想マシン内の時計が止まるようで遅れてしまう。
ソースコードはローカルのEclipseで保存しているので正しいタイムスタンプになる。
この時間のズレが悪さしてるんでしょうね。

development.rbや、仮想マシンの設定見直しが正しい対応だと思いますが。
タイムスタンプのズレは他にも色々影響ありそうなので、とりあえず以下を定期実行して時計合わせることにしました。

ntpdate -v ntp.nict.jp

おわり。